Si alguna vez les pasa algo parecido a esto:

chocolim@dora:~/downloads$ sudo pear install PhpDocumentor
Password:
downloading PhpDocumentor-1.2.3.tgz …
Starting to download PhpDocumentor-1.2.3.tgz (2,656,621 bytes)
……………………………………………..done: 2,656,621 bytes

Fatal error: Allowed memory size of 8388608 bytes exhausted (tried to allocate 8192 bytes) in /usr/share/php/PEAR/Installer.php on line 316

Fatal error: Allowed memory size of 8388608 bytes exhausted (tried to allocate 40 bytes) in /usr/share/php/pearcmd.php on line 394

Es porque php limita la cantidad de memoria que un script puede usar. Hay que modificar el php.ini, lo que hay que atender es que hay 2 php.ini, uno es el que usan los scripts ejecutados desde el apache(/etc/php(4|5)/apache/php.ini) y otros los de la consola/cgi (/etc/php(4|5)/cli/php.ini), bueno eso pasa en los debian like al menos.
En el php.ini cli buscar:

memory_limit = 8M

y aumentar el 8M por algo mayor y listo